Sudah pasti wabah makin menyebar karena R lebih dari 1. Itu sudah kepastian definisi. Misal ketika R di DKI lebih dari 1 artinya di Jakarta virus corona masih terus mewabah. Bisa bahaya.

Tetapi kita tidak bisa membaca langsung nilai R. Kita hanya bisa menghitung dengan pendekatan. Kita hanya bisa estimasi saja. Sehingga hasil perhitungan R kita bisa saja salah. Umumnya kita pakai confidence interval = 95%.
Contoh gambar di atas adalah, hasil estimasi Bonza, pada tanggal 09 Juni 2020 nilai Rt Jakarta = 1.28 yang lebih besar dari 1.
Estimasi ini berbeda dengan hasil estimasi saya. Nilai R di Jakarta 09 Juni sampai 11 Juni masih di bawah 1. Tepatnya bisa kita lihat di gambar bawah ini.

R = 0,939 masih di bawah 1. Meskipun nilai ini juga sudah dekat dengan batas ambang.
Untuk estimasi R ini saya menggunakan metode geometric mean of ratio. Saya sudah menjelaskan metode ini pada tulisan tentang angka reproduksi.
Sedangkan metode yang digunakan oleh Bonza saya tidak menemukan info lebih detil.
Bagaimana pun perbedaan hasil dan metodologi adalah hal yang wajar secara ilmiah. Kita bisa menyikapi dengan wajar. Perbedaan ini bisa menjadi feedback untuk semua.
Pengamatan sekilas saya: Rt estimasi beberapa pihak berkorelasi dengan trend penambahan kasus baru. Bila trend naik maka Rt lebih dari 1 sedangkan bila trend turun maka Rt kurang dari 1.

Jakarta, grafik warna agak kuning, trend datar lalu agak naik. Maka Rt lebih dari 1.
Sedangkan metode geometric mean of ratio yang saya kembangkan lebih berkorelasi dengan trend total kasus aktif. Saya sudah membuktikan keabsahan metode ini pada tulisan sebelumnya: bukti formal realtime.

Dua warna paling gelap terbawah cenderung datar lalu turun. Maka R bernilai di bawah 1.
Masing-masing metode dilengkapi dengan algoritma untuk menghitung dengan lebih detil.
Bagaimana menurut Anda?